Johannes Calvijn is ontstaan op 12 oktober 1950, nog voordat de landelijke C.S.F.R. werd opgericht. Dat laatste gebeurde pas nadat ook Utrecht een eigen dispuut kreeg. Op 10 april 1952 werd Johannes Calvijn officieel lid van de C.S.F.R. Veel leden waren destijds ook lid van de S.S.R.; de C.S.F.R. werd opgericht vanuit de behoefte om de Bijbel te onderzoeken en na te denken over de rol als christen in de maatschappij.
Door de tijd heen komen er steeds nieuwe mensen op de vereniging, waardoor de vereniging steeds mee verandert. Toch is de kern van activiteiten door de tijd heen hetzelfde gebleven: Bijbel- en studiekringen, maaltijden, borrels, lezingen, weekenden. Nog steeds proberen we als christenstudenten vorm te geven aan ons geloof. In de loop van de tijd zijn er veel mooie tradities gevormd, die Johannes Calvijn haar eigen karakter geven.